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Bioinformatics:人类流感感染生物学机制研究新进展

发布时间:2017-03-29 08:47 类别:医学前沿资讯 标签:流感 生物学 来源:未知

Bioinformatics:人类流感感染生物学机制研究新进展 作者:佚名 来源:MedSci 日期:2017-03-27   近期,在Bioinformatics杂志的一篇文章中提出了一项新的,关于检测人流感感染生物学机制研究的进展。


 近期,在Bioinformatics杂志的一篇文章中提出了一项新的,关于检测人流感感染生物学机制研究的进展。

 基因集富集分析(GSEAs)被广泛用于基因组的研究,以找出潜在的生物学机制。例如:基因本体论或分子机制。

 在目前可用的方法中,有以下两点说明:1、通常用于组间比较的回归分析,并不能有效地利用转录组测量的时间序列相关的时间信息;2、在多分子途径中的基因重叠,在假设检验中被多次测量。

 该作者提出了一个基于函数型数据分析的GSEA推论框架,使其可以利用基于函数型主成分分析的时间信息,并能通过弹性网络回归的功能扩展对重叠基因的影响进行松解。

 其次,基因组的假设检验是Mann-Whitney U检验的延伸,他是基于相关观测值计算得出的加权秩和。

 研究者通过模拟数据库,及大规模的人类流感感染后的时间进程基因表达数据库的分析,证明了其采用的方法,能得出更好的受试者工作特征曲线。并且,与其他的方法相比,该研究方法能够识别更多的人类流感感染的免疫反应相关通路。

 原始出处:

 Zhang Y,Topham DJ,Thakar J,et al.FUNNEL-GSEA: FUNctioNal ELastic-net regression in time-course gene set enrichment analysis.Bioinformatics. 2017 Feb 21. doi: 10.1093/bioinformatics/btx104.